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得到了夏干道馆的徽章后，小智一行人便踏上了新的旅途。小茂为他们定下的登陆点是金柑岛，金柑岛是橘子群岛中最有名的商业都市，而且以乘龙的速度和体力，完全可以到达那里进行调整。
小智他们当然是无条件的相信着小茂的，小智一行人就冲着金柑岛快速前进，当然几只水系小精灵还一场有活力的在掐架。小智那是一脸的羡慕，毕竟他和皮卡丘已经饿的前胸贴后背了。
看到小岛了，小智立马活力四射，小岛啊，有岛就有饭了啊！乘龙全速前进着，然而就在小智他们兴高采烈的奔着金柑岛而来的时候。金柑岛内，某个地下秘密基地里，一男一女正盯着小智一行人，笑的不怀好意，又有新的猎物了。
两人正是火箭队的干部，小三郎和亚马多。之前被小智他们丢到监狱里，要不是有老大的保释金，指不定他们要在监狱里蹲多久呢。这一次动手居然碰到他们，当真是冤家路窄。他们一定要将他们手中的小精灵都拿过来，以报他们上次蹲局子的仇。
要说小三郎和亚马多也真的是有些点背，平时做任务，那是一等一的稳妥，不然坂木也不会特意花钱去将这两人捞出来。但是遇到小智他们，就一定会遇到武藏和小次郎，遇到他们之后，就跟衰神附体一般。总是出错，本身就气场不和，这就导致亚马多和小三郎对小智他们的怨念，深沉到一定地步。
没多久，小智一行人就登岛了，将乘龙收回到精灵球内。正打算去找吃饭的地方，却听到不远处，有人喊着“别这样，雷电球。”“怎么了，小磁怪？”等话语。
转头便看到，臭臭泥和小磁怪正在攻击两个少年，小智当机立断让皮卡丘去救人。但皮卡丘刚踏入对方不远处的地方时，突然停了下来，小智急忙问道“皮卡丘，你怎么了？”
皮卡丘转过头，一脸凶恶的看着小智。皮卡丘从未用过这种眼神看过小智一行人，就在小智不理解皮卡丘怎么了的时候，波克比，伊布也受到了影响。
路卡利欧脑袋一晃，脚步就要往前踏。却被超梦拦住，衣服无风飘动着，路卡利欧因为超梦的帮助下，脱离了控制。
有超能力系的小精灵在暗处，控制它们。超梦本身就是超能力系和格斗系的结合体，在皮卡丘不对劲的瞬间就察觉到了这一点，但没打算动手。可当路卡利欧也被控制了，超梦觉得自己有些不爽，在它眼皮子底下控制路卡利欧？超梦冷哼一声，将事情告诉了小茂。
人类太多，它不好动手解除对方的念力。只能交给小茂，况且那被人控制的小精灵中，也还有他的小精灵在。路卡利欧被超梦拉到自己跟前，搂在怀里。因为不能暴露超梦的存在，还要保护路卡利欧不受控制。路卡利欧尴尬的被超梦抱在怀里，虽说晚上它们睡觉的时候，经常被超梦抱在怀里，但在这么多人情况下抱着，却是少数。
超梦搂着路卡利欧，突然觉得那个胆敢控制路卡利欧的小精灵，也没那么讨厌了。当然，死罪可免，活罪难逃。自己都没试图控制过路卡利欧，它算哪根葱？
小智试图去拉皮卡丘，去被皮卡丘以电击的方式警告着，不准上前。小智现在就跟锅上的蚂蚱一般，根本就冷静不下来。皮卡丘是他的初始小精灵，虽说听了小茂的话，将注意力放在其他小精灵身上一些，但皮卡丘对他来说是不一样的。
现在皮卡丘莫名其妙的，以这种凶狠的眼神看着他。小智慌了，慌到，想不出皮卡丘这样可能是发生了什么，只想询问皮卡丘，到底怎么了。
小茂听到路卡利欧和超梦的话，伸手拉住了小智的胳膊，将之拉回来。再怎么喊也没什么用，与其在这里喊，还不如去找主谋解除控制。
但小智现在的心思都在皮卡丘上，被小茂这一拽，立马就生气的喊了起来“小茂你干什么拉我，我要去找皮卡丘问个清楚。”
“冷静一下，它们明显就是被控制了。”小茂拽过小智，在小智耳边小声说道。但小智现在根本冷静不下来，还想大声询问小茂到底是怎么回事。
小茂见小智冷静不下来，为了避免小智一个冲动，在跟着皮卡丘它们去敌人大本营。还没找到对方，就先被皮卡丘伊布它们弄‘死’了。抬手就捂住小智的嘴巴，将小智揽在自己怀里，不撒手。
小霞和小健看着小精灵跟他们反目，小智和小茂还不知道什么情况的，就这么掐到一起了。瞬间就乱了起来，而被控制的皮卡丘、伊布还有波克比，见小智他们没追来，就离开了。
眼看着皮卡丘它们离开，小智拼命的挣扎，小茂被小智杵了两下，疼的呲牙却还是没松开。冷声喊道“你给我冷静一下，你到底还想不想救它们出来。”
小智瞪着眼，飞快的点着头，他当然想救皮卡丘它们，可不是你在拦着吗？！
小茂见小智能听进去话了，便继续开口道“超梦说，这座城市有超能力系的小精灵，使用能力控制着小精灵。路卡利欧险些中招，被超梦护住了。超梦虽然能抵挡住对方的控制，但它不可能在这么多人眼皮子底下出手。一旦出手它必定会暴露，所以只能靠我们自己去查。但我想，如果出了这种小精灵奇怪反目丢失案件，君莎小姐一定会出面的。我们可以去找君莎小姐询问一下详细情况，这样才方便我们找出最后的真凶。所以，你现在能冷静的，跟我去找君莎小姐，询问案件详情么？”
小智点了点头，即使再怎么火大，小智还是能听进去小茂的话的。所以，小茂说完到底是怎么一回事后，小智就冷静了下来，不闹着去追皮卡丘了。
小茂见小智冷静下来了，松开手。小智立马离开了小茂的怀里，看到小智那么快离开，小茂突然觉得自己亏了。这么好的机会，他居然，没多利用一会占便宜。不过这个想法也就是一闪而过，因为很快君莎就出现在他们面前。满是歉意的说道“我来迟了。”
小智他们急忙跑过去，还有那两个同样丢了小精灵的训练家也跑了过来，急忙跟君莎说明了案情。君莎为慌乱的训练家解释了一下，最近所发生的怪事。
最近小精灵都不知道怎么的，突然都不听训练家的话了。攻击人类的案件常常发生，她正在调查。就在君莎跟训练家说话时，一只鬼斯突然在君莎前面现身，顿时吓到了小智他们。
鬼斯看到小智他们吓了一跳，瞬间开心的笑了起来。君莎将鬼斯推到一旁，带着小智他们来到了警察局，因为鬼斯完全不受控制，君莎也有点怀疑，这是超能力小精灵作案。而小茂则是帮忙应证了这点。作为一个研究员，小精灵的事，虽然小茂现在不像是他爷爷，大木幸成那般的权威。但好歹拿出证据还是有人相信的，但问题又来了，知道是超能力系的小精灵搞鬼，他们要怎么去抓它呢？
小精灵不可能去做这种坏事，那么背后一定有人去指挥它，那么这个人的目的是什么呢？
就在小智他们这边排查超能力系的小精灵时，一直忠诚的，坠在他们身后的武藏等人，发现了皮卡丘的踪迹。急忙追了上去，然而追到一半时，喵喵也被控制了。武藏和小次郎赶紧跟在了喵喵身后。结果便来到了小三郎和亚马多的基地。
小三郎和亚马多在看到会说话的喵喵后，就觉得似乎有点不妙。而当看到武藏和小次郎后，这个不妙就化为了不爽。两边气哼哼的说着各自的出场台词，武藏和小次郎简直要气疯了。亚马多抄袭她的台词也就算了，居然还颇受老大的信任。
他们在局子中蹲着的时候，那回不是他们自己想办法逃出来的？什么时候老大出过钱？再者，亚马多居然说，他们被老大开除了，小次郎那个没骨气的居然去抱亚马多那家伙的大腿，询问自己到底有没有被开除。
